Добрый день.
Тут вопрос в том, какие именно действия Вы сделали, что бы созданному сотруднику убрать доступ на справочник файлы.
Во-первых, проверьте, что ваш сотрудник не является типом "Администратор", он должен иметь тип "Сотрудник". Не важно, в какой группе находится данный пользователь, важно, что тип "Сотрудник". Все пользователи типа "Администратор" игнорируют ВСЕ настройки доступа, это важно знать.
Второе. Допустим, Вы учли первый пункт. Теперь смотрим доступ на справочник. В системе несколько видов доступов. Непосредственно к данным (то есть к справочникам) относятся два - Доступ на справочники и доступ на входящие объекты справочников. Доступ формируется из совокупности разрешенных и запрещенных функций. Если пользователь является членом нескольких групп пользователей, то доступы на данные для этих групп "Складываются". Приоритет имеет "Запрет". Если доступ не задан - это равноценно "запрету".
Что бы для сотрудника запретить доступ да справочник файлы совсем. Нужно, либо создать два новых доступа, (для справочника и для входящих объектов) и назначить оба на этот справочник. Либо, при задании доступа, выбрать "особый" и проставить запрещающие флажки (для справочника  и для входящих объектов).
В таком случае открыв номенклатуру, сотрудник увидит прикрепленные файлы и сможет просматривать их свойства, но при попытке просмотреть или перейти к объекту он получит сообщения: "Нет прав на чтение объекта справочника. [Код ошибки #018]." и "Запрашиваемый объект не найден". Вот то, что пользователь видит записи о файлах – это, скорее всего ошибка, но, однако никаких деструктивных действий система не позволяет.

По поводу связи справочников "Документы" и "Номенклатура".
У справочника «Номенклатура» нет аналога в 11 версии, только отдаленная аналогия.   Справочник номенклатура не содержит ни одного собственного объекта, и предназначен для подключения к нему объектов других справочников с целью формирования из них разнородных структур данных, таких как структуры изделий, структуры документов проектов и другие подобные структуры. Кроме того через номенклатуру возможен поиск данных в разнородных справочниках по общим параметрам (таким как Наименование и Обозначение). Номенклатура - консолидирующий справочник. У номенклатуры много специфических функций, связанных с работой со структурами.
    Например, к номенклатуре подключен справочник "Документы" (который содержит основные типы объектов структуры изделия, такие как деталь, сборочная единица и т. д.) и справочник "Электронные компоненты", кроме этого к номенклатуре могут быть подключены и другие справочники, например "Сообщения" (почта). Это означает, что мы можем, например, в структуру изделия подключать электронные компоненты и почтовые сообщения. Другими словами, справочники, данные которых нам важно подключать в состав каких-либо структур должны быть подключены к номенклатуре.
    Подключаются справочники специальным образом, деактивируем номенклатуру, на нужном уровне структуры типов говорим создать тип. В свойстве типа (такое есть только в справочнике «Номенклатура») выбираем справочник, тип которого мы подключаем. Если ставим флаг использовать порожденные типы – то подключается автоматом все дерево типов. Задаем соответствие параметров, допустимую входимость типа в тип (что в составе чего можно создавать)  и остальные свойства. Активируем справочник, и теперь мы можем создавать в номенклатуре объекты типов подключенного справочника в нужных местах структуру.

Для работы с DOCs 11 в настоящее время используются следующие версии sql server 2005:

MS SQL Standart Edition x86 (32bit)
MS SQL Enterprise Edition x86 (32bit)
MS SQL Enterprise Edition x64

C этими разновидностями SQL Server идут оффициальные инсталляции.

На самом деле для работы DOCs подойдет любая из разновидностей:
- Express
- Workgroup
- Standard
- Enterprise

Отличаются они только возможным числом нормально работающих пользователей и поддержкой оборудования (например числа ядер процессоров) в большей или меньшей степени.

При установки SQL следует соблюдать правила, которые описаны на инсталляционом диске в документации.
Для установки локальной версии DOCs 11 достаточно версии - Express.

Что касается поддержки sql 2008 - да она поддерживается в последних сборках системы. Но пока сам лицензионный SQL 2008 с системой пока не распространяется.