Может в новых версиях это и исправлено, но в восьмой - победить не удалось:

- Создал ведомость ЗИП.
- Создал файл с форматкой ведомости и поместил его во временный каталог.
- Вставил форматку фрагментом в ведомость.
- Заполнил ведомость на десяток страниц.
- После чего решил файл с форматкой переместить в библиотеку: <Форматки>.
- Временный каталог удалил а адреса фрагментов форматки переопределил на новое местоположение.

И вот теперь, несмотря на то, что в списке фрагментов никаких вопросов нет, в окне диагностики Флекс ругается на "ссылки на несуществующие файлы".
Если временную папку вернуть на место, то ругаться перестает - но ведь это же не дело.
Хотя все работает и проблем с файлом нет, но записи в диагностике как то напрягают.